השלב הראשון בתהליך האבחון הוא פגישת התייעצות עם
ד"ר רונית אלוני.
כל אדם או זוג המגיע למרפאה נפגש בתחילה עם ד"ר רונית אלוני עצמה להיכרות ראשונית ואיתור הבעיה המרכזית המביאה אותו למרפאה. למעשה זוהי צומת האבחון והדיאגנוזה הראשונית.
משך הפגישה הוא 50 דקות שבסיומה מתבהרת התמונה ונקבע כיוון להמשך הטיפול.
במקרים מסוימים יש צורך בפגישת אבחון נוספת, או בהפניה לצוות הרפואי להעמקת התהליך.

בשלב השני נאסף מידע נוסף המאפשר הסתכלות רחבה יותר על הפונה. לעיתים יש צורך בבדיקות רפואיות או במפגש אבחוני נוסף עם הצוות הרפואי של המרפאה.
במקרים מסוימים ד"ר רונית אלוני תבקש ויתור סודיות על מנת שתוכל לשוחח עם מטפלים קודמים של הפונה לצורך השלמת האבחון וההיכרות איתו

לאחר השלמת איסוף החומר, יצוות הפונה למטפל מתאים מצוות המרפאה. מעל הכל הוא יצוות עם מטפלת מהצוות בעלת כישורי הטיפול וההתמחות המתאימים ביותר לצרכיו, כמו כן תילקח בחשבון היכולת הכלכלית של כל פונה (במרפאה צוות מטפלים בדרגות וותק והתמחות שונים המאפשרים מדרג עלויות שונה) וכן ימים ושעות נוחים, ואזור מגורים (חלק מהצוות יכול לקבל מטופלים באזורים שונים הקרובים יותר למקום המגורים או העבודה של הפונים).
כשנוצר הקשר הראשוני עם המטפלת המתאימה מתחיל תהליך הטיפול.